Bałtyk jest jednym z najbardziej zanieczyszczonych mórz na świecie. Czynnikami, które wpływają na zanieczyszczenie wód Bałtyku, są m.in.: budowa rowów melioracyjnych, intensywne uprzemysłowienie, rozwój i powstawanie nowych miast oraz okoliczne ścieki i odpady.

Ocenia się, że największym problemem ochrony Morza Bałtyckiego jest eutrofizacja. Jej głównymi przyczynami są nadmierne ładunki azotu i fosforu, które pochodzą z obszarów lądowych w zlewni Bałtyku, a także obszarów spoza niej.